La pianta della chiesa è divisa in tre campate che per la geniale idea del Guardi, vanno diminuendo così da aumentare l'effetto prospettico. Il soffitto è coperto da un affresco del 1925. L'altare è sovrastato da una pala raffigurante una madonna in stile Beato Angelico. Il quadro originale della Madonna del Desco, opera di un artista del '400, forse Sodoma o Rosso Fiorentino è scomparso ai primi del Novecento. Nella sacrestia insieme ad altre lapidi c'è né una del tempo di Elisa. E' il sepolcro di un comandante dei cacciatori della costa.